In samenwerking met verschillende kunstenaars, met name Jack Kirby en Steve Ditko, creëerde hij Spider-Man, de Hulk, de Fantastic Four, Iron Man, Thor, de X-Men en vele andere fictieve personages. Hij introduceerde complexe, naturalistische personages en een volledig gedeeld universum in superheldenstrips. Daarnaast leidde hij de eerste grote succesvolle uitdaging van de censuurorganisatie van de stripindustrie, de Comics Code Authority, en dwong deze tot een hervorming van het beleid. Lee leidde vervolgens de expansie van Marvel Comics van een kleine afdeling van een uitgeverij tot een groot multimediabedrijf.
Hij werd in 1994 opgenomen in de Will Eisner Award Hall of Fame van de stripindustrie en in 1995 in de Jack Kirby Hall of Fame. Lee ontving in 2008 een National Medal of Arts.
